Внутри станции происходит биологическая и механическая очистка. Станция Биопорт 2.5 разделена на три камеры. В первой камере под действием силы тяжести хозяйственно-бытовой сток разделяется на фракции. Более тяжелые частицы выпадают в виде осадка на дно камеры, которые легче воды, всплывают.
Во вторую камеру поступает относительно чистая вода. В этой камере происходит анаэробный и аэробный процессы очищения воды. Бактерии, живущие на активном иле – окисляют и разлагают органику на простые вещества – минеральные соединения и газ-метан. Простые вещества выпадают в осадок на дно. А газ выделяется из воды и удаляется посредством фановой вентиляции. Излишки активного ила и выпавшие в осадок вещества удаляются в первую камеру. Далее предварительно очищенная вода попадает в третью камеру.
В третьей камере проходит окончательное химическое разложение без доступа воздуха. За счет работы двух типов бактерий – аэробных и анаэробных – станция биологической очистки более эффективно справляется с разложением сточных вод. Далее очищенная вода через камеру гидроциклонного типа попадает в дренажное поле, где происходит впитывание осветленной воды в грунт.