Внутри станции происходит биологическая и механическая очистка. Станция Биопорт 2.5 разделана на три камеры. Первая камера используется, как отстойник крупных фракций. Здесь сточные воды под действием гравитационной силы разделяются на фракции. Более тяжелые частицы выпадают в виде осадка на дно камеры, которые легче воды, всплывают.Во вторую камеру поступает относительно чистая вода. В этой камере происходит анаэробный и аэробный процессы очищения воды. Бактерии живущие на активном иле – окисляют и разлагают органику на простые вещества –минеральные соединения и газ-метан. Простые вещества выпадают в осадок на дно. А газ выделяется из воды и удаляется посредством фановой вентиляции. Излишки активного ила и выпавшие в осадок вещества удаляются в первую камеру. Далее предварительно очищенная вода попадает в третью камеру.В третьей камере проходит неаэробный биологический процесс и происходит дальнейшее выпадение в осадок простых веществ и активного ила на дно камеры. Излишки активного ила и выпавшие в осадок вещества удаляются в первую камеру. Далее очищенная вода через камеру гидроциклонного типа попадает в дренажное поле, где происходит впитывание осветленной воды в грунт.